По сообщению Территориального отдела Управления Роспотребнадзора по городу Москве в САО, на сегодняшний день число заболевших гриппом и ОРВИ в округе ниже расчетных порогов заболеваемости по всем возрастным группам населения на 71%. При этом осенью и зимой 2009 года в округе был зафиксирован подъем заболеваемости сезонным гриппом и ОРВИ: превышение пороговых показателей составляло 17%. В октябре наблюдалось резкое увеличение количества заболевших — на 45% по сравнению с тем же периодом 2008 года, в ноябре это число составляло 92%. Своевременные меры и ограничительные мероприятия привели к тому, что уже в декабре уровень заболеваемости не превышал аналогичный уровень 2008 года. Медики ожидают еще один сезонный всплеск заболеваемости гриппом и ОРВИ в конце февраля — начале марта 2010 года.
Медицинские учреждения САО приступили к вакцинации против пандемического штамма гриппа A/H1N1/2009. Пока прививают только, так называемую, группу риска: медицинских работников, работников систем здравоохранения, коммунального хозяйства, энергообеспечения, транспорта, а так же школьников. Прививки делают в поликлиниках по месту жительства, работы или учебы.